Somente poderá ser cancelada uma NF-e cujo uso tenha sido previamente autorizado pelo Fisco (protocolo "Autorização de Uso") e desde que não tenha ainda ocorrido o fato gerador, ou seja, ainda não tenha ocorrido a saída da mercadoria do estabelecimento. Atualmente o prazo máximo para cancelamento de uma NF-e é de 168 horas (7 dias), contado a partir da autorização de uso. Conforme Ato COTEPE 35/10, este prazo será reduzido para 24 horas a partir de 1º/01/2012.

O Pedido de Cancelamento de NF-e deverá ser assinado pelo emitente com assinatura digital certificada por entidade credenciada pela Infraestrutura de Chaves Públicas Brasileira - ICP-Brasil, contendo o nº do CNPJ de qualquer dos estabelecimentos do contribuinte, a fim de garantir a autoria do documento digital.  A transmissão poderá ser realizada por meio de software desenvolvido ou adquirido pelo contribuinte ou disponibilizado pela administração tributária. Da mesma forma que a emissão de uma NF-e de circulação de mercadorias, o pedido de cancelamento também deverá ser autorizado pela Sefaz. O leiaute do arquivo de solicitação de cancelamento poderá ser consultado no Manual de Integração do Contribuinte.

O status de uma NF-e (autorizada, cancelada, etc.) sempre poderá ser consultado no site da Sefaz autorizadora (Sefaz da unidade federada do emitente ou Sefaz-Virtual) ou no Portal Nacional da NF-e (www.nfe.fazenda.gov.br).

As NF-e canceladas, denegadas e os números inutilizados devem ser escriturados, sem valores monetários, de acordo com a legislação tributária vigente.